متن فرمان رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسمه‌تعالی
سردار سرلشکر باقری
با تقدیر از خدماتی که نیروهای مسلّح تاکنون در زمینه‌ی کرونا به مردم عزیز تقدیم کرده‌اند و با تاکید بر ادامه و گسترش هرچه بیشتر آن، لازم است سازماندهی این خدمات به شکل یک قرارگاه بهداشتی و درمانی بوده و علاوه بر درمان و ایجاد مراکز درمانی مانند بیمارستان صحرایی و نقاهتگاه و غیره، به پیشگیری از شیوع بیشتر بیماری با شیوه‌های لازم نیز بپردازد. تقسیم وظائف و مأموریتهای سازمانها و بخشهای نیروهای مسلّح از وظائف این قرارگاه است. این قرارگاه باید در هماهنگی کامل با دولت و وزارت بهداشت و درمان عمل کند.

این اقدام با توجه به قرائنی که احتمال «حمله‌ی بیولوژیکی» بودن این رویداد را مطرح کرده می‌تواند جنبه‌ی رزمایش دفاع بیولوژیک نیز داشته و بر اقتدار و توان ملّی بیفزاید.
امید است با هدایت الهی و پشتیبانی ویژه‌ی حضرت بقیة‌الله ارواحنا فداه ملت ایران همواره پیروز و برخوردار از امنیت و سلامت باشند.
                                                                                                                        سیّدعلی خامنه‌ای
                                                                                                                        ۲۲ اسفند ۱۳۹۸